Dynamic force spectroscopy of DNA hairpins: II. Irreversibility and dissipation
Autor/a
Manosas, M.
Mossa, A.
Forns, N.
Huguet Casades, Josep Maria
Ritort, F.
Data de publicació
2009ISSN
1742-5468
Resum
We investigate irreversibility and dissipation in single molecules that cooperatively fold/unfold in a two-state manner under the action of mechanical force. We apply path thermodynamics to derive analytical expressions for the average dissipated work and the average hopping number in two-state systems. It is shown how these quantities only depend on two parameters that characterize the folding/unfolding kinetics of the molecule: the fragility and the coexistence hopping rate. The latter has to be rescaled to take into account the appropriate experimental set-up. Finally we carry out pulling experiments with optical tweezers in a specifically designed DNA hairpin that shows two-state cooperative folding. We then use these experimental results to validate our theoretical predictions.
Tipus de document
Article
Versió del document
Versió publicada
Llengua
Anglès
Matèries (CDU)
57 - Biologia
Paraules clau
ADN
DNA
Pàgines
Desconocido
Publicat per
IOP Publishing
Col·lecció
2009
Publicat a
Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment
Citació
Manosas, M.; Mossa, A.; Forns, N. [et al.]. Dynamic force spectroscopy of DNA hairpins: II. Irreversibility and dissipation. Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment, 2009, 2009, P02061. Disponible en: <https://iopscience.iop.org/article/10.1088/1742-5468/2009/02/P02061/pdf>. Fecha de acceso: 18 mar. 2024. DOI: 10.1088/1742-5468/2009/02/P02061
Aquest element apareix en la col·lecció o col·leccions següent(s)
- Ciències Bàsiques [65]
Drets
© IOP Publishing